놀면서 공부하기

실험실에서 플라스미드를 추출하다 보면, 어떤 날은 DNA가 엄청 잘 나오고, 또 어떤 날은 거의 안 나오는 날도 있죠.  "분명히 같은 키트로 했는데 왜 이럴까?" 싶은 경험, 다들 한 번쯤 있으실 거예요.  오늘은 실험실에서 플라스미드 수율을 높이기 위해 꼭 알아두면 좋은 팁들을 정리해봤어요. 아주 작은 습관이나 선택 하나가 전체 수율을 좌우하기도 하거든요. 플라스미드 실험을 처음 하시는 분들, 그리고 수율이 늘 고민이었던 분들에게 도움이 되면 좋겠어요.   1. 무조건 ‘싱싱한 단일 콜로니’로 시작하세요  플라스미드 추출 실험은 시작이 정말 중요해요. 오래된 액체 배양액이나 글리세롤 스톡에서 바로 시작하는 것보다는, LB plate에 스트리킹해서 자란 ‘신선한 단일 콜로니’를 사용하는 게 훨씬 안정적..

이전 포스트에 이어서 살펴보자.    위 그림은 eukaryote에서 일어나는 phospholipid biosynthesis pathway를 요약해서 보여주고 있음. 하나하나 살펴보자.   우선 glycerol 3-phosphate에 acyl group이 하나 첨가되면서 lysophosphatidate가 만들어짐. 이어서 여기에 acyl group이 하나 더 첨가되면서 phosphatidic acid, 혹은 phosphatidate가 만들어짐. 이 phosphatidic acid는 크게 2가지 경로로 들어갈 수 있는데, 우선 위 그림 왼쪽에 나타나 있는 것처럼 CDP-diacylglycerol로 activation된 이후 inositol, phosphatidylglycerol 3-phosphate, se..

이번 포스트부터는 phospholipid의 생합성 과정에 대해 알아보자.    실제로 phospholipid는 위 그림 아래와 같이 glycerol backbone의 3번 탄소 부근에 붙은 phosphate group에 추가적으로 polar한 head group이 붙어있는 형태임. (이 때 head group과 glycerol backbone 사이에 phosphodiester bond가 형성된 꼴임)    이 때 3번 부근에 head group이 loading되는 과정에서 위와 같이 2가지 strategy가 사용될 수 있음. 우선 왼쪽과 같이 CDP에 의해 activation되어있는 diacylglycerol이 head group의 OH에 의해 attack받으면서 CMP가 빠져나가고 그 결과 glycer..

지난 포스트에 이어서 살펴보자.  예전 chapter에서 살펴봤던 것처럼 glucagon, epinephrine 등에 의해서 lipolysis가 촉진될 수 있음. 그런데 이런 condition 하에서는 당장 혈당량을 올려야 하므로 glycolysis 또한 inhibition되고 있음. 따라서 glycerol 3-phosphate를 만들기 위해 필요한 DHAP가 glycolysis를 통해 공급되기 어려움. (심지어 adipose cell의 경우 glycerol kinase를 가지고 있지 않으므로 glycerol로부터 glycerol 3-phosphate가 만들어지지도 못함) 그렇다면 이런 상황에서 fatty acid reesterification을 위해 필요한 Glycerol 3-phosphate는 어떻게..

이번 포스트부터는 fat과 phospholipid의 생합성 과정에 대해 알아보자.  fat(triacylglycerol)의 경우 animal과 plant가 fuel의 한 형태로 가지고 있으며, plant에서는 seed와 nut에서 존재하고 있음. 한편 human의 경우 70kg인 사람을 예로 들어 봤을 때 15kg정도가 fat이며, 이 정도 양의 fat으로부터 12주를 버틸 수 있는 energy가 생성된다고 함. (liver, muscle에 있는 glycogen의 경우 12시간을 버틸 energy만을 제공해주는 것과 상반됨) 한편 animal, plant, bacteria는 공통적으로 cell membrane의 구성성분으로 phospholipid를 가지고 있음.  fat과 phospholipid는 둘 다..

이번 포스트에서는 eicosanoid의 생합성 과정에 대해 알아보자.  Eicosanoid hormone에는 prostaglandin, leukotriene, thromboxane 등이 포함되며, 이들은 arachidonate로부터 만들어짐. arachidonate는 원래 membrane의 phospholipid에 incorporation되어있는데, hormone 등에 의한 response로 phospholipase A2가 activation되면 arachidonate가 membrane으로부터 release되어서 다른 Eicosanoid로의 further conversion이 일어나게 됨.    위 그림에는 Arachidonate가 Eicosanoid로 conversion되는 과정이 나타나 있음. 보면 ..

페니실린은 의학계에 혁명을 가져왔지만, 그 영광의 이면에는 지금도 해결되지 않은 도전 과제가 있어요. 바로 항생제 내성(antibiotic resistance)이라는 문제예요.내성은 말 그대로, 세균이 항생제에 ‘저항할 수 있는 능력’을 가지게 되는 것을 의미해요. 예전에는 잘 듣던 약이 어느 날부터는 더 이상 효과가 없어지는 거죠. 플레밍이 1945년 노벨상 수상 연설에서 이미 경고했던 내용인데요, 그는 “페니실린을 무분별하게 사용하면, 박테리아가 약에 저항하게 될 수 있다”고 말했어요. 안타깝게도 그 우려는 현실이 되었고, 우리는 지금 내성균 시대를 살고 있어요. 항생제 내성은 단순히 환자 한 사람의 문제가 아니라, 전 세계적으로 공중보건에 위협이 되는 글로벌 이슈예요. 특히 페니실린은 수십 년간 널..

페니실린은 발견 당시부터 ‘기적의 약’이라 불릴 만큼 뛰어난 효과를 보였어요.  하지만 이 약이 어떻게 세균을 죽이는지, 왜 사람의 몸에는 영향을 거의 주지 않는지에 대해서는 잘 모르는 경우가 많죠. 이번 편에서는 페니실린의 작용 원리를 조금 더 쉽게, 자세하게 설명해보려고 해요. 우선, 페니실린은 항생제(antibiotic)라는 큰 범주에 속해요. 항생제는 세균을 죽이거나 성장을 억제하는 물질로, 특히 박테리아에만 작용해요. 바이러스에는 효과가 없어요. 감기나 독감처럼 바이러스가 원인인 병에 항생제를 써도 낫지 않는 이유가 바로 이 때문이죠.  페니실린은 세균의 세포벽(cell wall)을 공격하는 방식으로 작용해요. 세포벽은 세균이 외부 환경으로부터 자신을 보호하는 일종의 방패 같은 구조인데요, 사람..

1928년, 런던의 세인트 메리 병원 부속 연구실에서 일하던 세균학자 알렉산더 플레밍(Alexander Fleming)은 자신의 연구 중 예상치 못한 발견을 하게 돼요.   당시 그는 감염 치료를 위한 새로운 방법을 연구하고 있었고, 다양한 박테리아를 배양하며 항균 물질을 찾고 있었죠.   그러던 중, 그는 휴가를 다녀온 후 실험실로 돌아왔고, 배양하던 황색포도상구균(Staphylococcus aureus) 접시에서 이상한 점을 발견했어요. 접시 한쪽에 우연히 곰팡이가 자랐고, 곰팡이 주변에서는 세균이 자라지 않고 깨끗하게 억제된 모습이었죠. 대부분의 연구자라면 그냥 오염으로 처리하고 버렸겠지만, 플레밍은 오히려 이 현상에 흥미를 느꼈어요.    그는 곧 이 곰팡이가 Penicillium notatum이..

열이 나면 무조건 해열제를 찾게 되죠. 두통이나 근육통이 심할 때도 마찬가지고요.   그런데 약국에 가보면 종류가 너무 많아서 뭘 골라야 할지 헷갈릴 때가 많아요. 특히 아이에게 먹이는 해열제는 더 신중해져요. 이번 글에서는 가장 흔하게 사용되는 해열진통제 두 가지—아세트아미노펜(Acetaminophen)과 이부프로펜(Ibuprofen)의 차이점을 중심으로, 각 약물의 특징, 올바른 복용법, 그리고 최근 주목받는 자연유래 해열제에 대해서도 소개해드릴게요. 해열진통제란 무엇인가요? 해열진통제는 말 그대로 열을 낮추고 통증을 줄이는 역할을 하는 약이에요. 대부분은 뇌의 체온조절 중추에 작용해 체온을 정상으로 돌려놓거나, 통증을 유발하는 화학물질인 ‘프로스타글란딘’의 생성을 억제해서 통증을 줄여줘요. 이 약들..