놀면서 공부하기

이번 포스트에서는 은행의 특징, 활용방안, 그리고 관련된 생물학적인 사항들에 대해 알아볼게요.    은행나무(Ginkgo biloba)는 중국 원산의 낙엽성 겉씨식물이에요. 고대부터 중국과 일본의 사찰 정원에서 재배되어 왔고, 현재는 전 세계적으로 곰팡이와 해충에 강한 관상수로 주목받고 있어요. 은행나무는 추운 날씨를 잘 견디고, 대부분의 겉씨식물과 달리 도시 지역의 열악한 대기 환경에서도 생존할 수 있는 능력이 있어요. 하지만 널리 재배되고 있음에도, IUCN 적색리스트에 멸종위기종으로 등록되어 있으며, 전세계적으로 야생에서는 점점 그 서식지가 위협받고 있는 상황이에요.    은행나무는 겉씨식물 문(Ginkgophyta)에 속한 은행목(Ginkgoales)의 유일한 생존 종이에요. 이 목에는 약 2억 ..

이번 포스트에서는 막단백질에 대해 알아보자.  membrane protein들은 receptor로 작용할 수도 있고, channel, gate, pump로 작용할 수도 있으며, enzyme으로 작용할 수도 있음.    일단 membrane protein 중 integral protein은 다시 크게 2가지 종류로 나눌 수 있음. monotopic은 membrane 중 한쪽면만을 바라보고 있는 integral protein을 말하며 polytopic은 membrane 중 양쪽면을 다 바라보고 있는, 막을 관통하는 integral protein을 말함. peripherial protein은 GPI linked되어있지 않는 membrane protein을 말하며, 이 녀석의 경우 pH change 등의 외부자..

이번 포스트에서는 저장지질의 구조에 대해 알아보자.  storage lipid는 triacylglycerol로 대표될 수 있음. 이 때 solid한 형태는 그냥 fat으로, liquid한 형태는 oil로 부르게 됨.    위 그림에는 triacylglycerol이 나타나 있음. 보면 glycerol의 각각의 탄소에 fatty acid가 붙음. 이 때 만약 위 그림과 같이 3개의 glycerol C에 3개의 서로 다른 fatty acid가 붙는다면, glycerol의 가운데 C(2번 C)는 원래는 chiral하지 않았지만 fatty acid와의 결합에 의해 chiral해지게 됨.  fat은 fuel storage에 있어 매우 효율적으로 사용될 수 있음. 일단 이들의 구성요소인 fatty acid는 상당히 ..

이번 포스트에서는 지난 포스트에 이어서 지질의 생물학적 기능에 대해 알아보자.  우선 대부분의 lipid들이 가지고 있는 fatty acid에 대해 알아보자.  fatty acid는 4-36개의 C로 이루어진 hydrocarbon과 끝부분의 caarboxylic acid로 구성되어 있음. 이 때 흥미롭게도 자연계에서 관찰되는 거의 모든 fatty acid들의 carbon 갯수는 짝수임. 게다가 대부분의 자연계에서 발견되는 fatty acid들은 unbranched form임. 한편 fatty acid 중 hydrocarbon chain에서 double bond가 없는 경우 이를 saturated되었다고 표현함.    한편 위 그림 오른쪽과 같이 hydrocarbon chain 내에 double bond가..

이번 포스트에서는 단백질-단백질 상호작용(protein-protein interaction, PPI)을 보기 위해 사용 가능한 실험법에 대해 알아보자.    우선 단백질 간의 interaction을 확인하기 위해 가장 대표적으로 사용할 수 있는 방법은 위 그림에 나타나 있는 immunoprecipication임. 이 때 protein of interest 앞이나 뒤에 특정 epitope tag를 달아줘서 immunoprecipitation을 수행할 수 있게 됨. (사용가능한 대표적인 tag들이 위 그림 오른쪽 표에 나타나 있음. 이 때 대다수의 경우 짧은 sequence를 넣어주게 되는데, 그 이유는 긴 sequence를 넣어줄 경우 이 녀석들에 의해 혹시나 secondary function이 나타날 수..

이번 포스트에서는 DNA repair에 대해 알아보자.    위 그림은 몇십년동안 운전을 한 운전수의 얼굴을 보여주고 있음. 보면 한쪽 얼굴만 햇빛을 지속적으로 받은 결과 UV에 의한 DNA damage가 누적되어 피부가 손상되어 있음을 확인할 수 있음.    실제로 base 내에서는 위와 같이 엄청나게 많은 수의 손상들이 일어남. 이들에 의해 우리의 genetic information이 손상되는 것을 방지하기 위해 우리 몸에는 DNA damage response, 혹은 DNA damage pathway가 존재해서 DNA repair가 일어나게 됨.    위 그림에는 cytosine이 Uracil로, 5-methylcytosine이 thymine으로 deamination되는 것이 나타나 있음.    위 ..

이번 포스트부터는 다당류(polysaccharide)에 대해 알아보자.    polysaccharide는 위와 같이 homopolysaccharide와 heteropolysaccharide로 나눌 수 있음. 이 중 homopolysaccharide는 한 종류의 monomer unit으로 이루어진 다당류이고 heteropolysaccharide는 여러 종류의 monomer unit으로 이루어진 다당류임.  polysaccharide의 대표적인 예로는 glycogen, starch 등이 있음. 이들의 경우 매우 variation이 크므로 molecular weight을 define하기 쉽지 않음.     위 그림에는 glucose들이 서로 1-4 α-D glycosidic bond를 통해서 연결되어 만들어진..