놀면서 공부하기

PCR(중합효소 연쇄 반응)은 극도로 민감한 증폭 기술이에요. 이 민감함 덕분에 미량의 DNA도 증폭할 수 있지만, 반대로 아주 소량의 오염만 있어도 결과에 큰 영향을 줄 수 있다는 단점도 있어요. 그래서 오늘은 PCR 오염의 주요 원인, 이를 막는 방법, 그리고 오염이 발생했을 때 대처하는 방법까지 한 번에 정리해드릴게요. PCR 오염, 어디서 생길까요?PCR에서 가장 흔한 오염 원인은 바로 이전 PCR에서 증폭된 산물이에요. 이를 carryover contamination이라고 부르는데, 몇 번만 반복해도 수조 개의 DNA 분자가 실험실에 떠다니게 돼요. 무심코 튄 PCR 산물, 공기 중의 에어로졸, 장갑이나 피펫팁에 묻은 잔류 DNA가 새로운 반응에 들어가면, 아무것도 없었어야 할 nega..

PCR을 진행한 뒤 아가로스 겔에서 결과를 확인했는데, 선명한 밴드 대신 흐릿하게 번진 듯한 스미어(smeared band)만 보인다면 당황스러울 수밖에 없죠. 이런 스미어 현상은 다양한 원인으로 발생할 수 있는데요, 오늘은 PCR 스미어의 원인과 해결법에 대해 하나하나 짚어보려고 해요. 스미어 원인 파악부터 시작해요무엇보다 중요한 첫 단계는, 스미어의 원인이 오염인지 조건 문제인지를 구분하는 거예요. 이를 위해 반드시 양성 대조군(positive control)과 음성 대조군(negative control, template 없음)을 함께 돌려야 해요. 음성 대조군에서도 스미어가 보인다면, 이는 오염 가능성을 의미하고, 음성 대조군은 깨끗한데 실험군만 스미어가 있다면 PCR 조건을 재조정해야 해..

PCR(중합효소 연쇄 반응)은 생명과학 실험에서 가장 기본적이면서도 중요한 기술 중 하나인데요, 간혹 아무런 증폭산물도 얻지 못하는 상황이 발생하면 연구자 입장에서 꽤나 당황스럽죠. 오늘은 PCR 실패 시 ‘아무것도 나오지 않을 때’ 어떤 순서로 문제를 점검해야 할지 정리해볼게요.가장 먼저 확인해야 할 기본 사항무엇보다 먼저 PCR 반응 혼합물에 필요한 모든 구성 요소가 제대로 들어갔는지를 점검해야 해요. Taq polymerase, dNTP, 프라이머, template DNA, 버퍼 – 이 모든 구성요소가 누락되지 않았는지 하나씩 다시 체크해보세요. 그리고 항상 positive control을 포함해서, 전체 시스템이 제대로 작동하는지 검증하는 것이 기본 중의 기본이에요.사이클 수 조절로 해결될 수..

실험에서 PCR 프라이머를 디자인할 때, 특정 유전자만을 정확하게 증폭하는 것이 매우 중요하죠. NCBI에서 제공하는 Primer-BLAST는 이런 문제를 해결해주는 강력한 도구예요. 이 도구는 Primer3 알고리즘과 BLAST를 결합해 프라이머를 디자인하면서도, 그 프라이머가 다른 유전자에 비특이적으로 결합하지 않도록 자동으로 검증해줘요. 이번 글에서는 Primer-BLAST의 기본적인 사용법부터 고급 기능까지 한 번에 정리해볼게요.Primer-BLAST 접속과 기본 입력 방법Primer-BLAST는 웹 브라우저에서 사용할 수 있는 도구예요. 아래 링크로 바로 접속할 수 있어요. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ Primer designin..

웨스턴 블랏 실험의 마지막 단계는 이미지 촬영과 정량 분석이에요. 밴드가 잘 나왔다고 끝이 아니죠. 실제 분석에서 밴드의 강도, 위치, 배경 등을 어떻게 해석하느냐에 따라 실험의 신뢰도가 달라지기 때문이에요. 이번 글에서는 결과 이미지를 어떻게 잘 찍고, 어떤 방식으로 정량화하면 좋은지 알려드릴게요. 노출 시간, 짧게도 길게도 안 돼요 웨스턴에서 이미징 장비로 밴드를 촬영할 때 가장 중요한 건 노출 시간(exposure time)이에요. 너무 짧으면 밴드가 흐릿하고, 너무 길면 밴드가 퍼지거나 포화돼서 정량이 불가능해지죠.약한 신호가 나온다면 → 노출 시간을 늘려보세요. 또는 더 민감한 chemiluminescent substrate를 사용해도 좋아요. 밝은 밴드가 번지거나 포화될 경우 → 노출 시간을..

웨스턴 블랏 실험에서 또렷한 밴드를 얻기 위해선, 항체 조건이 정말 중요해요. 항체가 너무 많이 붙거나 비특이적으로 반응하면 배경이 심하게 올라가고, 반대로 너무 적게 쓰면 신호가 약해져서 밴드가 흐릿하게 보여요. 이번 글에서는 1차 항체와 2차 항체의 희석 농도 설정, 적절한 blocking 조건, 그리고 백그라운드 제거를 위한 실전 팁까지 차근차근 정리해드릴게요.1차 항체 희석 : 무조건 진하게 쓰면 안 돼요 1차 항체는 타겟 단백질에 직접 결합하는 핵심 항체예요. 대부분의 회사는 권장 희석 비율을 제시해주는데, 일반적으로 1:500~1:5,000 사이에서 많이 사용돼요. 하지만 중요한 건 내가 로딩한 단백질 양과 항체의 결합 범위가 맞는지 확인하는 거예요.이럴 때 사용할 수 있는 방법이 바로 단..

웨스턴 블랏 실험에서 단백질을 잘 준비했다면, 다음 관문은 바로 젤 전기영동(gel electrophoresis)과 전이(transfer) 단계예요. 이 단계에서는 단백질의 분자량에 따라 정확히 분리되고, 멤브레인으로 깔끔하게 옮겨져야 해요. 하지만 실험을 하다 보면 밴드가 번지거나, 크기가 이상하거나, 멤브인에 아무것도 보이지 않는 일들이 자주 생기죠. 오늘은 이런 문제들이 왜 생기는지, 그리고 어떻게 해결할 수 있을지를 정리해볼게요.젤 전기영동 : 전압과 시간, 그리고 젤 종류까지 점검해야 해요 젤을 잘못 세팅하면 밴드가 번지거나 흐리게 나와요. 이런 문제는 보통 전압이 너무 높거나 젤이 과열되었을 때 생기는데요, 일반적으로 젤 길이(cm) x 10~15V 정도의 전압이 적당해요. 만약 밴드가 웃..

웨스턴 블랏은 단백질 분석에 정말 많이 사용되는 실험이지만, 실제로 해보면 예상보다 문제가 많이 생겨요. 밴드가 너무 연하거나, 백그라운드가 강하게 생기거나, 심지어 단백질 크기가 다르게 나타나는 경우도 있어요. 오늘은 웨스턴 블랏 실험에서 자주 마주치는 문제들을 해결하는 첫 번째 단계, 기본 점검 사항과 단백질 준비 과정에 대해 알아볼게요.단백질 추출, 처음부터 꼼꼼히 해야 해요 가장 첫 단계인 단백질 추출이 제대로 안 되면, 그 이후의 실험도 당연히 잘 될 수 없어요. 특히 다음 세 가지 문제가 흔히 발생해요: 단백질 분해 추출하는 동안 단백질이 분해돼서 밴드가 약하게 나오거나 사라질 수 있어요. 이를 막기 위해서는 항상 protease inhibitor와 phosphatase inhibitor..

세포 배양을 처음 시작할 때 가장 먼저 부딪히는 고민은 “도대체 어떤 세포를 써야 하죠?”예요. 논문에서는 다양한 세포주가 등장하고, 실험실 선배들은 이미 익숙한 세포들을 쓰고 있지만, 막 입문한 사람에겐 이 선택이 막막하게 느껴지기 마련이죠. 이번 글에서는 실험 목적에 따라 세포를 선택하는 기준과 대표적인 세포주 예시들을 소개해드릴게요. 1. 기초 실습 또는 연습용이라면? - HEK293, HeLa, NIH3T3 실험을 처음 시작한다면, 잘 자라고 관리가 쉬운 세포부터 시작하는 게 좋아요.대표적으로 많이 쓰이는 세포주는 다음과 같아요 HEK293 (Human Embryonic Kidney 293)사람 신장 유래 세포, 트랜스펙션 효율이 높고, 대부분의 실험이 잘 작동해요. HeLa (Human C..

세포 배양에서 기술만큼 중요한 게 있어요. 바로 기록 관리예요. “며칠 전에 이 세포를 얼마나 나눴더라?”, “이번 FBS 로트는 괜찮았나?” 같은 질문은 실험 중 누구나 하게 되죠. 하지만 노트나 파일 정리가 안 돼 있으면, 기억에 의존해야 하고 실수는 반복돼요. 이번 글에서는 세포 배양에 꼭 필요한 기록 항목과 실험 노트 작성 팁을 정리해드릴게요. 가장 기본이 되는 기록 : 패시지 번호와 날짜 모든 세포주 관리의 시작은 패시지 번호(passsage number)예요. 패시지 번호는 세포를 계대배양한 횟수를 의미해요. 대부분의 세포주는 패시지가 반복될수록 유전적, 생리학적 특성이 조금씩 바뀌기 때문에, 실험의 재현성과 비교를 위해서 꼭 기록해둬야 해요. 예를 들어 실험 결과가 좋았을 때 그 세..