놀면서 공부하기

유전자 발현 분석과 시각화를 위한 온라인 툴들 - GraphPad QuickCalcs, Morpheus, DAVID & Enrichr, GEO2R, Biorender

실험이 끝난 뒤, 수많은 숫자와 유전자 리스트 앞에서 막막했던 적 있으시죠? 특히 RNA-seq, 마이크로어레이, qPCR 결과를 해석하고 시각화하는 건 또 다른 숙제처럼 느껴질 수 있어요.  다행히도, 이 과정을 훨씬 쉽게 도와주는 무료 온라인 도구들이 있어요. 이번 편에서는 유전자 발현 데이터의 해석, 시각화, 통계적 분석까지 가능한 툴들을 소개할게요.1. GraphPad Prism 대체? 그럼 GraphPad QuickCalcs! Prism은 워낙 유명한 유료 프로그램이지만, 그 중에서도 통계 분석 기능만 따로 뽑아놓은 QuickCalcs는 누구나 무료로 사용할 수 있어요. GraphPad Software GraphPad SoftwareFisher's, Chi square, McNemar's, Si..

유전체 정렬과 계통수 작성을 위한 온라인 툴들 - NCBI BLAST, Clustal Omega, iTOL, MEGA Web

분자생물학이나 유전체학을 연구하다 보면, 시퀀스를 정렬하거나 서로 다른 유전자를 비교하고, 그 결과를 기반으로 계통수를 그리는 작업이 자주 필요하죠.  예전엔 복잡한 프로그램 설치가 필수였지만, 요즘은 웹 기반의 무료 도구들만으로도 충분히 훌륭한 결과를 얻을 수 있어요.  이번 글에서는 유전체 정렬, 다중 서열 정렬, 계통수 분석에 유용한 온라인 툴을 소개할게요.   1. NCBI BLAST – 기본 중의 기본, 유사성 검색의 시작BLAST는 말 그대로 생명과학자들의 기본 도구예요. BLAST: Basic Local Alignment Search Tool BLAST: Basic Local Alignment Search ToolThe .gov means it’s official. Federal govern..

단백질 서열 분석, 구조 시각화를 위한 온라인 툴들 - ExPASy ProtParam, InterPro, TMHMM, SignalP, Alphafold, Mol* Viewer

단백질 실험을 준비하거나, 특정 유전자의 번역 산물(translation product)을 분석하려 할 때 가장 먼저 필요한 건 단백질 서열에 대한 이해예요.  이때, 여러 온라인 도구들을 활용하면 서열 분석, 기능 예측, 구조 시각화를 편리하고 직관적으로 할 수 있어요. 이번 글에서는 무료로 사용 가능한 단백질 분석 도구들을 소개할게요. 시퀀스만 가지고도 어디까지 할 수 있는지, 놀라실 거예요! 1. ExPASy ProtParam – 단백질의 기본 특성 한눈에 단백질 서열을 알고 있다면, ProtParam은 가장 먼저 써볼만한 도구예요.  Expasy - ProtParam Expasy - ProtParam web.expasy.org  아미노산 조성, 분자량, 이소전점(pI), 불안정성 지수, 소수성, ..

프라이머 설계와 PCR을 위한 온라인 툴들 - Primer BLAST, Primer3, NEB Tm calculator, UCSC In-Silico PCR

PCR 실험을 계획할 때, 가장 중요한 건 바로 프라이머 설계예요. 조건이 맞지 않으면 증폭이 안 되거나 비특이적으로 증폭되기도 하죠. 다행히도, 요즘은 웹 기반 도구들을 활용하면 복잡한 계산 없이도 정확한 프라이머를 빠르게 설계할 수 있어요.  오늘은 누구나 무료로 이용할 수 있는 프라이머 설계 및 PCR 관련 도구들을 소개해볼게요. 간단한 시퀀스 입력만으로도 실험 효율을 높이는 꿀도구들, 함께 알아봐요! 1. Primer-BLAST – 신뢰도 높은 프라이머 검증까지 한 번에 NCBI에서 제공하는 Primer-BLAST는 기본적인 프라이머 설계와 함께 BLAST 검색으로 특이성까지 자동 검증해주는 강력한 툴이에요. Primer designing tool Primer designing tool www.n..

플라스미드 설계를 위한 온라인 툴들 - SnapGene Viewer, Benchling, Serial Cloner

분자생물학 실험을 준비할 때, 가장 먼저 떠오르는 건 바로 '플라스미드 설계'와 '시퀀스 분석'이죠.    예전에는 전문 소프트웨어를 설치하거나 고가의 라이선스를 구매해야 했지만, 요즘은 웹 기반의 무료 온라인 도구들만으로도 실험 계획부터 분석까지 충분히 해결할 수 있어요.이번 글에서는 연구 초보자부터 대학원생, 실험실 연구원까지 모두 유용하게 쓸 수 있는 핵심 툴들을 소개해볼게요. 설치할 필요도 없이 브라우저만 있으면 바로 사용할 수 있고, 기능도 아주 풍부해요! 1. SnapGene Viewer – 플라스미드 맵이 이렇게 예뻐도 되나요?플라스미드의 구조를 직관적으로 시각화하고 싶다면, SnapGene Viewer가 정말 유용해요. 유료 SnapGene의 뷰어 버전이지만, 플라스미드 맵핑, 제한효소 자..

[AAV] 8편 : AAV ITR 실전 문제 해결 가이드 – 삭제, 돌연변이, 안정성 유지법

AAV 실험이 생각보다 잘 안 될 때, 종종 원인을 추적하다 보면 ITR 문제에 닿게 돼요. AAV에서 ITR은 유전자의 복제, 포장, 발현 유지를 모두 관장하는 핵심 구조이기 때문에, 작은 손상도 실험 전체를 망칠 수 있어요.이번 글에서는 ITR 관련 문제를 진단하고 해결하는 방법을 상황별로 정리해드릴게요.  상황 1: 바이러스 수율이 극단적으로 낮아요  가장 흔한 원인✔ ITR 손상 또는 삭제 ✔ 플라스미드 배양 중 돌연변이 ✔ ITR 내 기능성 서열(RBE, trs) 돌연변이  해결 방법SmaI 또는 XmaI 제한효소 처리로 ITR 확인: 정상 ITR이 있으면 명확한 밴드 패턴이 보여요. Stbl3나 NEB Stable 균주에서 재배양해보세요. RecA 활성이 낮은 균주는 ITR 안정성이 좋아요. ..

[AAV] 7편 : AAV ITR 완전 정복 – 작지만 핵심적인 DNA 구조

AAV 실험을 시작하면 가장 먼저 듣게 되는 말 중 하나가 “ITR 잘 보존됐나 확인했어?”라는 말이에요.  그만큼 ITR(Inverted Terminal Repeat)은 AAV의 생존과 성공을 좌우하는 아주 중요한 요소예요. 작고 짧지만, AAV 벡터 안에서 복제, 포장, 발현 안정성에 직접적으로 관여하거든요.ITR이란 무엇인가요?  ITR은 AAV의 양 끝에 존재하는 145bp의 반복 서열로, 구조적으로는 T자형의 스템-루프 구조를 형성해요. 이 구조 덕분에 복제의 시작점이 되며, AAV 벡터가 세포 내에서 안정적으로 머무를 수 있도록 도와줘요.  ITR은 실험실에서 사용하는 AAV 벡터에서는 유일하게 보존되는 바이러스 유전 정보예요. AAV를 생산할 때 사용하는 transfer plasmid에서 실..

[AAV] 6편 : AAV 실험 꿀팁 모음

AAV 실험, 처음엔 막막하죠. 플라스미드는 민감하고, 정제도 어렵고, 타이트레이션도 귀찮은데 정확해야 하니까요.  저도 처음엔 그랬어요. 다행히 실험실 선배들과 여러 시행착오 덕분에 조금씩 익숙해졌고, 지금은 프로토콜 여백에 적힌 작은 팁 하나하나가 실험 효율을 좌우한다는 걸 실감하고 있어요. 이번 글에서는 제가 직접 겪고, 실험실에서 공유된 실전 팁들을 소개할게요. 플라스미드 단계 – ITR은 까다롭지만 대응법이 있어요  AAV의 transfer plasmid에는 ITR(inverted terminal repeat)이 들어 있어요. 이 ITR이 있어야 바이러스에 유전자가 실리는데, 문제는 이 구조가 굉장히 불안정해서 쉽게 삭제된다는 거예요. 특히 일반적인 37도에서 키우면 이런 문제가 더 잘 생겨요...

[AAV] 5편 : AAV의 활용 – 실험실과 임상에서 다재다능한 유전자 전달 도구

AAV는 단순한 유전자 운반체가 아니에요.   높은 안정성, 낮은 면역 반응, 다양한 세포 특이성 덕분에 실험실 연구와 유전자 치료 분야에서 엄청나게 인기 있는 도구예요. 이번 글에서는 AAV가 실제로 어떤 실험에 쓰이는지, 그리고 사람을 대상으로 하는 임상 연구에서 어떻게 활용되고 있는지 자세히 알아볼게요.실험실에서 AAV가 쓰이는 대표 분야  1. 유전자 발현 실험 AAV는 특정 유전자를 안정적으로 세포에 전달할 수 있어서, 실험자가 원하는 단백질을 발현시키는 데 자주 사용돼요. 특히 1회 감염으로도 오랜 시간 발현이 유지되기 때문에, 세포주뿐만 아니라 동물 모델에서도 효율적이에요.  2. 신경과학 AAV는 뇌 조직에서도 잘 작동하기 때문에, 신경과학 연구에서 특히 인기가 많아요. 특정 뇌 부위나 뉴..

[AAV] 4편 : AAV 정제와 타이트레이션 – 깨끗하고 정확하게 준비하는 법

AAV를 생산하고 나면 그다음 단계는 바로 정제와 타이트레이션이에요. AAV는 배양액이나 세포 안에서 복잡한 성분들과 섞여 만들어지기 때문에, 이걸 깨끗하게 분리하고, 얼마나 들어 있는지 정확히 측정해야 실험에서 원하는 결과를 얻을 수 있어요. AAV 정제 – PEG 침전과 iodixanol 그라디언트  AAV를 정제하는 첫 번째 방법은 바로 PEG 침전법이에요. 보통 40% PEG 용액을 배양액에 넣어 최종 농도를 8%로 맞춘 뒤 냉장 보관해요.   이 과정을 거치면 바이러스 입자들이 뭉쳐서 가라앉고, 이를 원심분리로 수확할 수 있어요. 이 방법은 간단하고 대량으로 처리할 수 있지만, 완전히 깨끗한 정제는 어렵다는 단점이 있어요.좀 더 정밀하게 정제하고 싶을 때는 iodixanol 그라디언트 원심분리법..