놀면서 공부하기

[생화학] 21.2 : ㅇ

ㅇ

[생화학] 21.2 : 아미노산 유도체의 생합성 - 2

ㅇ

[생화학] 21.2 : 아미노산 유도체의 생합성 - 1

이번 포스트부터는 아미노산 유도체들의 생합성 과정에 대해 알아보자.  amino acid들로부터 heme의 구성성분인 porphyrin ring, phosphocreatine, glutathione, 각종 neurotransmitters, signaling molecules, cell-wall constituent들이 derive될 수 있음.   porphyrin synthesis   porphyrin ring은 위 그림 왼쪽과 같이 생겼음. 이 때 C와 N이 포함된 4개의 작은 ring들이 모여 큰 ring을 형성하고 있음.  higher eukaryote에서는 glycine과 succinyl-CoA로부터 porpyrin ring이 만들어질 수 있고, plant와 bacteria에서는 glutamate..

[생화학] 21.1 : 아미노산의 생합성 - 8

지난 포스트에 이어서 살펴보자.   synthesis of aromatic amino acids    aromatic amino acid인 phenylalanine, tyrosine, tryptophan은 위 그림상에도 나타나 있는 것처럼 phoshpoenolpyruvate로부터 만들어질 수 있음. 이 때, 이들 3개 amino acid 합성 과정에서 공통적으로 등장하는 intermediate가 바로 chorismate임.    위 그림상에는 PEP가 chorismate로 합성되는 과정이 나타나 있으므로 참고할 것.     한편 이렇게 생성된 Chorismate는 위 그림과 같은 과정을 거쳐서 tryptophan으로 합성될 수 있음. 이 때, 위 그림상에서 마지막 부분에 나타나 있는 것처럼 indole-..

전자실험노트(ELN), 프로토콜, 연구정리를 위한 툴들 - Benchling, protocols.io, LabArchives, SciNote, Notion

매일 실험을 하다 보면 어느 순간 “내가 어제 했던 조건 뭐였더라?” 혹은 “이 프로토콜 수정한 거 어디다 적었지?”라는 생각이 들죠. 이럴 때 도움이 되는 것이 바로 전자 실험 노트(ELN)와 디지털 연구 관리 도구예요.  이번 글에서는 실험실 일정을 관리하고, 프로토콜을 정리하고, 팀과 협업할 수 있는 무료 또는 학술용 무료 플랫폼들을 소개해볼게요. 1. Benchling – 전자 실험노트 + 분자생물학 통합 툴 Benchling은 앞서 소개한 DNA 편집 도구로도 유명하지만, 사실 연구 데이터 관리와 협업 기능까지 모두 포함된 ELN(전자 실험 노트)이기도 해요.  Cloud-based platform for biotech R&D | Benchling Cloud-based platform for b..

유전자 발현 분석과 시각화를 위한 온라인 툴들 - GraphPad QuickCalcs, Morpheus, DAVID & Enrichr, GEO2R, Biorender

실험이 끝난 뒤, 수많은 숫자와 유전자 리스트 앞에서 막막했던 적 있으시죠? 특히 RNA-seq, 마이크로어레이, qPCR 결과를 해석하고 시각화하는 건 또 다른 숙제처럼 느껴질 수 있어요.  다행히도, 이 과정을 훨씬 쉽게 도와주는 무료 온라인 도구들이 있어요. 이번 편에서는 유전자 발현 데이터의 해석, 시각화, 통계적 분석까지 가능한 툴들을 소개할게요.1. GraphPad Prism 대체? 그럼 GraphPad QuickCalcs! Prism은 워낙 유명한 유료 프로그램이지만, 그 중에서도 통계 분석 기능만 따로 뽑아놓은 QuickCalcs는 누구나 무료로 사용할 수 있어요. GraphPad Software GraphPad SoftwareFisher's, Chi square, McNemar's, Si..

유전체 정렬과 계통수 작성을 위한 온라인 툴들 - NCBI BLAST, Clustal Omega, iTOL, MEGA Web

분자생물학이나 유전체학을 연구하다 보면, 시퀀스를 정렬하거나 서로 다른 유전자를 비교하고, 그 결과를 기반으로 계통수를 그리는 작업이 자주 필요하죠.  예전엔 복잡한 프로그램 설치가 필수였지만, 요즘은 웹 기반의 무료 도구들만으로도 충분히 훌륭한 결과를 얻을 수 있어요.  이번 글에서는 유전체 정렬, 다중 서열 정렬, 계통수 분석에 유용한 온라인 툴을 소개할게요.   1. NCBI BLAST – 기본 중의 기본, 유사성 검색의 시작BLAST는 말 그대로 생명과학자들의 기본 도구예요. BLAST: Basic Local Alignment Search Tool BLAST: Basic Local Alignment Search ToolThe .gov means it’s official. Federal govern..

단백질 서열 분석, 구조 시각화를 위한 온라인 툴들 - ExPASy ProtParam, InterPro, TMHMM, SignalP, Alphafold, Mol* Viewer

단백질 실험을 준비하거나, 특정 유전자의 번역 산물(translation product)을 분석하려 할 때 가장 먼저 필요한 건 단백질 서열에 대한 이해예요.  이때, 여러 온라인 도구들을 활용하면 서열 분석, 기능 예측, 구조 시각화를 편리하고 직관적으로 할 수 있어요. 이번 글에서는 무료로 사용 가능한 단백질 분석 도구들을 소개할게요. 시퀀스만 가지고도 어디까지 할 수 있는지, 놀라실 거예요! 1. ExPASy ProtParam – 단백질의 기본 특성 한눈에 단백질 서열을 알고 있다면, ProtParam은 가장 먼저 써볼만한 도구예요.  Expasy - ProtParam Expasy - ProtParam web.expasy.org  아미노산 조성, 분자량, 이소전점(pI), 불안정성 지수, 소수성, ..

프라이머 설계와 PCR을 위한 온라인 툴들 - Primer BLAST, Primer3, NEB Tm calculator, UCSC In-Silico PCR

PCR 실험을 계획할 때, 가장 중요한 건 바로 프라이머 설계예요. 조건이 맞지 않으면 증폭이 안 되거나 비특이적으로 증폭되기도 하죠. 다행히도, 요즘은 웹 기반 도구들을 활용하면 복잡한 계산 없이도 정확한 프라이머를 빠르게 설계할 수 있어요.  오늘은 누구나 무료로 이용할 수 있는 프라이머 설계 및 PCR 관련 도구들을 소개해볼게요. 간단한 시퀀스 입력만으로도 실험 효율을 높이는 꿀도구들, 함께 알아봐요! 1. Primer-BLAST – 신뢰도 높은 프라이머 검증까지 한 번에 NCBI에서 제공하는 Primer-BLAST는 기본적인 프라이머 설계와 함께 BLAST 검색으로 특이성까지 자동 검증해주는 강력한 툴이에요. Primer designing tool Primer designing tool www.n..

플라스미드 설계를 위한 온라인 툴들 - SnapGene Viewer, Benchling, Serial Cloner

분자생물학 실험을 준비할 때, 가장 먼저 떠오르는 건 바로 '플라스미드 설계'와 '시퀀스 분석'이죠.    예전에는 전문 소프트웨어를 설치하거나 고가의 라이선스를 구매해야 했지만, 요즘은 웹 기반의 무료 온라인 도구들만으로도 실험 계획부터 분석까지 충분히 해결할 수 있어요.이번 글에서는 연구 초보자부터 대학원생, 실험실 연구원까지 모두 유용하게 쓸 수 있는 핵심 툴들을 소개해볼게요. 설치할 필요도 없이 브라우저만 있으면 바로 사용할 수 있고, 기능도 아주 풍부해요! 1. SnapGene Viewer – 플라스미드 맵이 이렇게 예뻐도 되나요?플라스미드의 구조를 직관적으로 시각화하고 싶다면, SnapGene Viewer가 정말 유용해요. 유료 SnapGene의 뷰어 버전이지만, 플라스미드 맵핑, 제한효소 자..