실험이 끝난 뒤, 수많은 숫자와 유전자 리스트 앞에서 막막했던 적 있으시죠? 특히 RNA-seq, 마이크로어레이, qPCR 결과를 해석하고 시각화하는 건 또 다른 숙제처럼 느껴질 수 있어요.
다행히도, 이 과정을 훨씬 쉽게 도와주는 무료 온라인 도구들이 있어요. 이번 편에서는 유전자 발현 데이터의 해석, 시각화, 통계적 분석까지 가능한 툴들을 소개할게요.
1. GraphPad Prism 대체? 그럼 GraphPad QuickCalcs!
Prism은 워낙 유명한 유료 프로그램이지만, 그 중에서도 통계 분석 기능만 따로 뽑아놓은 QuickCalcs는 누구나 무료로 사용할 수 있어요.
GraphPad Software
Fisher's, Chi square, McNemar's, Sign test, CI of proportion, NNT (number needed to treat), kappa.
www.graphpad.com
T-test, ANOVA, 비율 비교 등 기본적인 통계 테스트를 빠르게 계산할 수 있어서, qPCR 결과 해석에 특히 유용하죠.
입력 숫자 데이터만 복사해서 붙여넣으면 끝!
출력 평균, SD, p-value 등 깔끔한 요약 제공
활용 예 그룹 간 유의미한 차이 분석, 그래프용 통계 정리
빠르게 통계만 처리하고 싶을 때 정말 유용한 가벼운 도구예요!
2. Morpheus – 히트맵(heatmap)과 클러스터링 분석의 정석
Broad Institute에서 제공하는 Morpheus는 유전자 발현량을 바탕으로 히트맵을 생성하고 군집 분석까지 자동으로 수행해주는 도구예요.
Morpheus
software.broadinstitute.org
입력 CSV 또는 엑셀 형식의 유전자 발현 데이터
기능 Z-score 정규화, 유전자/샘플별 clustering, 색상 조절
활용 예 발현 패턴 시각화, RNA-seq 요약 그래픽, 논문용 히트맵
특히 논문이나 포스터 발표용 고퀄리티 heatmap 이미지 만들기 정말 좋아요.
3. DAVID & Enrichr – 유전자 리스트, 그냥 넣으면 해석돼요
RNA-seq 결과로부터 DEG(차등 발현 유전자)를 뽑았는데, 이제 그 유전자들이 무슨 역할을 하는지 궁금할 때는 DAVID나 Enrichr 같은 기능 분석 툴이 제격이에요.
DAVID Functional Annotation Bioinformatics Microarray Analysis
About DAVID The Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery (DAVID) provides a comprehensive set of functional annotation tools to help understand the biological meaning of large gene lists.
davidbioinformatics.nih.gov
https://maayanlab.cloud/Enrichr/
Enrichr
Recently, Enrichr was upgraded to support inputting a background. This can be done via the UI and the API. Another new feature that was recently added is the ability to export up to 100 annotated gene sets after performing a metadata search using the Term
maayanlab.cloud
입력 유전자 리스트 (Gene symbol, Entrez ID 등)
기능 GO (biological process, molecular function), KEGG pathway 분석
출력 시각적 그래프, 유의성 정렬된 경로 정보
결과만 정리해 넣으면 자동으로 유전자 기능을 정리하고 시각화까지 해줘요!
4. GEO2R – 공개 RNA-seq 데이터 분석에 최적화
만약 NCBI의 GEO 데이터베이스에서 공개 RNA-seq 데이터를 가져와서 분석하고 싶다면, GEO2R이 딱이에요. 코딩 없이도, Control vs Treatment 비교, Volcano plot, DEG 분석까지 바로 수행 가능해요.
GEO2R - GEO - NCBI
www.ncbi.nlm.nih.gov
특징 GEO Accession 번호만 입력하면 자동 분석 가능
활용 예 논문 기반 재현 실험, 유전자 발현 비교 시각화
실험 데이터를 비교하거나 참고 데이터로 활용할 때 유용해요!
5. BioRender Graphs – 발현 데이터를 예쁘게 시각화
BioRender는 그림 그리기로 유명하지만, 최근에는 바 차트, scatter plot, box plot 등의 그래프 도구도 제공하고 있어요. 단순히 분석뿐 아니라, 논문 그림이나 포스터, 발표자료용 시각 자료 제작에 특화되어 있어요.
Scientific Image and Illustration Software | BioRender
Scientific Image and Illustration Software | BioRender
Browse 1000s of icons & templates from many fields of life sciences. Create science figures in minutes with BioRender scientific illustration software!
www.biorender.com
장점 예쁜 템플릿, 폰트 통일, 색상 조합 자동 적용
팁 결과 데이터를 옮겨서 설명용 이미지로 변환할 때 매우 유용!
“데이터는 잘 나왔는데 그래프가 지저분해서 아쉽다”는 고민, 이걸로 해결돼요!
유전자 발현 실험은 결과 그 자체보다, 그걸 어떻게 해석하고, 설득력 있게 시각화하느냐가 핵심이에요.
이번에 소개한 도구들은 실험 데이터를 정리하고, 독자나 청중에게 더 잘 전달할 수 있도록 돕는 훌륭한 도우미들이에요.