놀면서 공부하기

이번 포스트에서는 만들어진 poly A 꼬리의 수명에 대해 알아보자. 앞서 잠시 언급한 적이 있는데, cytoplasmic RNA에서의 poly A tail 길이가 일반적으로 nuclear RNA에서의 poly A tail 길이보다 짧음. 이를 나타내 주는 결과가 위와 같음. 이 경우 48시간동안 cell 내에서 incubation시킨 후 각 RNA들의 조성을 살펴봄. 그 결과 cytoplasmic RNA의 길이가 nuclear RNA의 길이보다 더 짧다는 것을 알 수 있었음. 이는 cytoplasm에서 poly A가 turn over되기 때문임. 기본적으로 세포질에 존재하는 RNase에 의해 poly A tail이 분해되고, 이와 함께 세포질에 존재하는 별도의 poly A polymerase에 의해 다..

이번 포스트에서는 지난 포스트에 이어 poly A의 elongation(신장) 과정에 대해 알아보자. 앞서 얻은 지식을 바탕으로 생각해보면 일부 adenylation이 일어나고 난 뒤, signal independent하게 다시금 polyadenylation이 일어나므로 먼저 합성된 짧은 A 가닥을 인지하고 결합하는 단백질이 있을 것이라 예상 가능함. 따라서 짧은 poly A에 결합 가능한 단백질들만을 모았고, 이들을 gel filtration experiment를 이용해 크기별로 아래와 같이 분리해봄. 이 중 대략 30~37까지의 fraction을 뽑아 SDS-PAGE를 진행해본 결과가 아래와 같음. 보면 대략 30~37까지의 fraction에 49kDa 정도의 분자량을 가지는 단백질이 존재하고 있음을..

이번 포스트부터는 polyadenylation이 어떻게 일어나는지와 관련된 구체적인 모델에 대해 알아보자. polyadenylation은 구체적으로 어떻게 일어나는 것일까. 위 그림에 그 과정이 간략히 나타나 있음. 보면 AAUAAA와 GU/U element 사이가 poly A site로 인식되어 cleavage되게 됨. 이 cleavage 과정에서는 RNA polymerase II의 CTD가 매우 중요하게 작용함. 이와 함께 CPSF라는 단백질이 AAUAAA site를 인지하고, 이것 또한 cleavage에 있어 매우 중요하게 작용함. 한편 일단 cleavage가 일어나고 나면 그 이후부터는 CTD가 작용하지 않음. 대신 PAP라고 하는 녀석이 들어오고, 이 녀석이 초기에 대략 8~10개의 A를 3' ..

이번 포스트에서는 polyadenylation이 일어나는 메커니즘에 대해 알아보도록 하자. 일반적으로 polyadenylation은 위 그림과 같이 2 step으로 진행됨. 간단히 말하자면 우선 처음 만들어진 전체 mRNA 중 절단이 일어나서 초록색 조각과 빨간색 조각이 형성되고, 이 중 빨간색 조각은 분해됨. 한편 초록색 조각의 3' 부분에는 poly A tail이 붙게 됨. 하지만 그렇다고 해서 빨간색 부분의 전사 정도가 처음부터 떨어지는 것은 아님. 위 그림을 보면 나중에 잘림이 일어나는 빨간색과 파란색의 경계선 이후에 존재하는 E, F 부분에서도 전사가 일어나는 정도는 앞부분과 거의 유사함. (결론적으로 전사는 poly A가 붙는 부분 이후까지도 쭉 일어나지만, 이후 절단에 이어 절단부 뒤쪽으로 ..

이번 포스트에서는 poly A의 기능에 대해 알아보자. mRNA의 3' 끝부분에 AMP가 계속 달려서 poly A tail이 만들어지는 과정을 polyadenylation이라 함. (참고로 이 poly A tail이 heterogeneous nuclear RNA(hnRNA)와 mRNA에서 다 발견된다는 사실을 알게 되면서 hnRNA가 mature되어서 mRNA가 만들어질 것임을 예상하게 되기도 했었음) 대부분의 eukaryotic mRNA와 mRNA의 precursor들은 3' 부분에 대략 250nt 길이의 AMP residue를 가지고 있음. 위 그림에 이와 관련된 실험 결과가 나타나 있음. 이 실험에서는 hnRNA와 mRNA에 RNase A(C, U 뒷부분을 끊어줌), RNase T1(G 뒷부분을 끊..

이번 포스트에서는 5' Cap의 기능에 대해 알아보자. Cap의 기능은 적어도 4가지가 있을 것으로 생각하고 있음. 1. mRNA가 degradation되지 않게 보호해줘서 mRNA의 life time을 증가시킴. 2. mRNA의 translatability를 증가시켜줌. (번역이 더 잘되게 해줌) 3. mRNA를 nucleus 바깥으로 나가게 도와줌. (nucleus 밖으로 빠져나갈 때 인지되는 부분 중 하나가 Cap 부위임) 4. mRNA가 더 효율적으로 splicing될 수 있게 해줌. 그 중 1에 해당하는 기이 실제로 있는지를 입증해준 실험 결과가 아래와 같음. 보면 green은 cap이 붙어있는 경우, blue는 cap이 붙어있기는 하나 methylation이 되어있지 않은 경우, red는 ca..

이번 포스트부터는 RNA processing의 한 종류인 5' Cap과 3' poly A tailing에 대해 알아보도록 하자. 그 중에서도 이번 포스트에서는 5' cap의 구조에 대해 중점적으로 알아보자. 1974년에, 각종 eukaryotic species와 virus로부터 분리된 mRNA들이 꽤나 많이 methylate되어있다는 것을 발견함. 이 methylation signal은 실제로 mRNA의 5' end에 있는 methylation cluster에 의해 발생한 것임. cap의 구조를 알기 위해 수행한 초기 연구는 주로 쉽게 분리하고 조사할 수 있는 viral mRNA를 대상으로 진행됨. 우선 이 때 AdoMet을 사용한 실험결과와 AdoMet을 사용하지 않은 실험결과를 비교하게 되는데, Ad..

이번 포스트에서는 self-splicing RNA에 대해 알아보자. 몇몇 RNA들은 spliceosome이나 다른 protein 없이 자기 스스로 splicing을 할 수 있음. 대표적인 예 중 하나가 Tetrahymena 26S rRNA gene인데, 이 녀석의 경우 in vitro에서도 스스로 splicing을 수행해 intron을 제거해버림. (이 녀석은 group I intron에 해당) 위 그림에 나타난 결과를 보면 Tetrahymena 26S rRNA gene과 함께 GTP를 넣어준 경우 rRNA substrate로부터 스스로 splicing이 일어나 결과물이 생성되는 것을 볼 수 있음. 이를 통해 Tetrahymena 26S rRNA gene는 스스로 splicing할 수 있다는 것을 알 수..

이번 포스트에서는 alternative splicing(대체 스플라이싱), 그리고 splicing을 silencing(참묵화)시키는 방법에 대해 알아보도록 하자. eukaryotic gene들 중 많은 종류는 alternative splicing에 의해 각종 번역물로 번역됨. (특히 higher eukaryote에서는 alternative splicing이 흔히 일어남) alternative splicing을 통해 단백질이 secreted form으로 합성될 것인지 membrane-bound form으로 합성될 것인지가 정해질 수도 있고, active한 상태로 합성될 것인지 inactive한 상태로 합성될 것인지가 정해질 수도 있음. 위 그림에 대표적인 alternative splicing의 예가 나타나..

이번 포스트에서는 RNA polymerase II가 splicing에 미치는 영향에 대해 알아보자. 앞서 RNA polymerase II의 Rpb1에 존재한다고 했었던 CTD domain은 사실 splicing 과정에도 기여함. 2023.12.17 - [전공자를 위한 생물학/분자생물학] - [분자생물학] 11.4 : TFIIH의 구조와 기능 - 1 [분자생물학] 11.4 : TFIIH의 구조와 기능 - 1 이번 포스트에서는 TFIIH의 구조와 기능에 대해 알아보자. 앞서 살펴본 것처럼 TFIIH는 preinitiation complex를 형성하기 위해 가장 마지막으로 첨가되는 general transcription factor임. 이 녀석도 앞서와 마찬 unicellular.tistory.com Rpb1..