놀면서 공부하기

이번 포스트에서는 intrinsically disordered protein(IDP)들에 대해 알아보자.  IDP는 단백질 전체가 random coil같은 unstructured form으로 존재해서 전체적으로 secondary structure가 없음. (즉, 다시말해 IDP들의 경우 2, 3차구조를 define하기 어려움)  참고로 이 밖에 단백질의 일부가 intrinsically disordered된 경우 이 부분을 intrinsically disordered region(IDR)이라고 부름.   일반적으로는 3차구조를 이룰 때 내부에 hydrophobic residue가 들어가 hydrophobic interaction을 하며 안정화됨. 그러나 IDP는 이런 구조가 없으므로 대부분의 경우 hydr..

이번 포스트에서는 globular protein들에 대해 알아보자. 특히나 water-soluble한 globular protein에 대해 알아보자.     위와 같이 실제로 같은 amino acid를 가지는 protein에 대해서 globular한 native protein을 α helix, 혹은 β conformation의 단위에 맞게 펴보면 위 그림과 같이 확장됨. 이를 통해서 얼마나 globular protein이 compact한 구조인지를 짐작할 수 있음.    한편 위 그림은 Sperm whale myoglobin의 구조를 각종 방식에 따라서 표현한 것임. (Sperm whale myoglobin은 X-ray crystallography를 이용해서 처음 구조를 밝힌 protein임)   일..

이번 포스트에서는 단백질의 3차구조(tertiary structure), 그 중에서도 fibrous protein들에 대해 알아보자.  우선 3차구조는 2차구조에서보다 더 멀리 있는 amino acid에 의해 만들어짐.  대부분의 경우 side chain 사이의 weak한 interaction에 의해 생성되나 disulfide bond를 비롯한 다른 공유결합에 의해 안정화되는 경우도 있음.     fibrous protein은 실 같은 구조임.      위 표에는 몇몇 fibrous protein의 예가 나타나 있음. 특히 collagen 등의 경우 left handed α helix의 비율이 많음. (fibrous protein의 종류에 따라 구성하는 secondary structure가 다 다르다는..

이번 포스트에서는 단백질의 2차구조(secondary structure), 그 중에서도 β sheet에 대해 알아보자.   α helix는 꼬여서 tight한 구조를 형성하고 있었다면, β sheet는 extended structure를 가지고 있음. 다시 말해 이 경우 pleated sheet-like structure를 가지고 있음.     이 경우 하나의 β strand는 위와 같이 배향되며, 이 때 흥미롭게도 side chain이 위, 아래, 위 아래로 번갈아가며 나타난다는 것을 알 수 있음.   한편 각각의 β strand끼리가 평행하게 연결되어 β sheet를 구성할 때에는 backbone끼리의 hydrogen bond가 상당히 중요하게 작용함.     이 때 위와 같이 β strand..

이번 포스트부터는 단백질의 2차구조(secondary structure)에 대해 알아보자.  그 중에서도 이번 포스트에서는 α helix(α 헬릭스)에 대해 알아보자.   대표적인 secondary structure에는 α helix와 β sheet가 있음.  α helix는 4, 5개 거리의 인접한 amino acid가 서로 H-bond를 통해 연결되어 생성된 구조를 말함. 한편 β sheet는 β strand가 여럿 모여 있는 구조로, α helix보다는 보다 더 먼 amino acid들끼리의 상호작용에 의해 형성됨.  이 밖에, disordered된 form으로 irregular한 arrangement로 polypeptide chain들이 연결되어 있는 것을 random coil이라 부름. 이 ..