[생화학] 2.3 : 펩타이드(peptide) - 2

 

 

이번 포스트에서는 지난 포스트에 이어 peptide를 구성하는 중요한 요소 중 하나인 cofactor에 대해 알아보자.

 

 

실제 polypeptide가 곧 protein이 되는 경우도 있지만, 몇몇 경우에는 polypeptide 이외에 다른 요소가 더 첨가되어 protein을 구성하기도 함. 이 factor를 general하게 cofactor라 칭함.

 

이 cofactor들 중 inorganic한 녀석들을 작은 의미의 cofactor라 칭하며, organic한 녀석들을 coenzyme이라 칭하고, 이 cofactor들 중 enzyme에 permenantly(covalently) attached된 녀석들의 경우 prosthetic group으로 칭함.

 

 

 

 

이 때 enzyme에 붙은 좁은 의미의 cofactor로는 Ca2+, Zn2+등이 있으며, 그 밖에 heme, FAD(이 녀석은 flavoprotein에 공유결합으로 붙어있음) 등의 prosthetic group, 혹은 temporarily attached coenzyme의 모식도가 위 그림의 중간과 아래에 각각 나타나 있음. (coenzyme의 대표적인 예로는 NAD+가 있음)

 

 

 

 

 

위 table에는 prosthetic group의 예가 나타나 있음. 보면 protein에 lipid가 붙은 lipoprotein, carbohydrate가 붙은 glycoprotein, phosphate group이 붙은 phosphoprotein, heme이 붙은 hemoprotein, flavin nucleotide가 붙은 flavoprotein 등이 있음을 알 수 있음. 이들 각각에 대한 실제 예시도 위 표에 나타나 있으므로 참고할 것. (다만 맨 아래 metal이 붙은 녀석은 prosthetic group으로 분류되기보다는 cofactor로 분류되는 것이 더 옳음)

 

 

참고로 glycoprotein의 대표적인 예로는 immunoglobulin이 있음.

 

 

 

 

immunoglobulin은 위와 같이 생겼음. 보면 VH(heavy variable)와 VL(light variable)이 모여서 antigen binding site를 구성하고 있으며, 이들을 포함한 위쪽의 Y자 팔 부분을 통칭해 Fab라 부름. 한편 이 Fab 아래에는 Y 구조가 잘 만들어질 수 있도록 해주는 매우 flexible한 disulfide hinge가 존재하고 있으며, 그 아랫부분에는 Fc가 존재하고 있음. 이 Fc 부분 중 C_H2 부분에 carabohydrate가 붙어있음. 그렇기에 이 녀석도 일종의 glycoprotein이라 볼 수 있음.

 

 

 

 

 

한편, polypeptide의 크기는 위와 같이 protein 사이에서 상당히 다름. 예를 들어 cytochrome c는 104개의 amino acid로 이루어져 있는 반면 titin은 26,926개의 amino acid로 구성되어 있음.

 

 

 

 

위 그림의 왼쪽에는 cytochrome c의 구조가 나타나 있으며 위 그림의 오른쪽에는 근육의 구조가 나타나 있음. 이 근육 내에서 검은 용수철처럼 나타나 있는 기다란 protein이 바로 titin임.

 

 

 

다음 포스트부터는 단백질과 관련된 다양한 실험방법들에 대해 알아보자.