놀면서 공부하기

2024.10.27 - [전공자를 위한 생물학/실험] - 웨스턴 블롯(Western blot)의 원리, 단계, 응용 - 2 웨스턴 블롯(Western blot)의 원리, 단계, 응용 - 2지난 글에서는 웨스턴 블롯의 기본적인 원리에 대해 간략히 알아봤어요. 2024.10.27 - [전공자를 위한 생물학/실험] - 웨스턴 블롯(Western blot)의 원리, 단계, 응용 - 1 웨스턴 블롯(Western blot)의 원리,unicellular.tistory.com   이번 포스트에서는 지난 포스트에 이어서 항체를 이용한 단백질 검출 과정들 각각에 대해 자세히 알아볼게요.   1차, 2차 항체 처리   웨스턴 블롯에서 1차 항체(primary antibody)는 막의 비특이적 부위를 차단한 후, 특정 단백..

지난 글에서는 웨스턴 블롯의 기본적인 원리에 대해 간략히 알아봤어요. 2024.10.27 - [전공자를 위한 생물학/실험] - 웨스턴 블롯(Western blot)의 원리, 단계, 응용 - 1 웨스턴 블롯(Western blot)의 원리, 단계, 응용 - 1웨스턴 블롯은 세포 내 단백질의 존재 유무를 파악하거나, 존재량을 정량하는데 있어서 가장 많이 사용되는 기본적인 실험방법 중 하나에요. 이번 시리즈에서는 웨스턴 블롯에 대한 기본적인unicellular.tistory.com  이번 포스트에서는 웨스턴 블롯의 구체적인 단계들, 그 중에서도 항체를 처리하기 전까지의 과정들에 대해 자세히 알아보도록 할게요.  단백질의 분리     젤 전기영동(gel electrophoresis)은 단백질이나 DNA와 같은 ..

웨스턴 블롯은 세포 내 단백질의 존재 유무를 파악하거나, 존재량을 정량하는데 있어서 가장 많이 사용되는 기본적인 실험방법 중 하나에요. 이번 시리즈에서는 웨스턴 블롯에 대한 기본적인 원리, 단계, 그리고 응용에 대해 자세히 알아보도록 할게요.  Western blot의 단계 “블롯팅(blotting)”이라는 용어는 생물학적 샘플을 젤(gel)에서 막(membrane)으로 옮긴 후, 막 표면에서 이를 검출하는 과정을 의미해요. 웨스턴 블롯(Western blot) 실험 또는 웨스턴 블롯팅(또는 항체를 사용하여 특정 항원을 검출하기 때문에 immunoblot이라 불리기도 함)은 1979년 Towbin 등의 연구자들에 의해 처음 소개되었고, 이제는 단백질 분석에서 흔히 사용되는 기본 실험기법이 되었어요. 웨스..

이번 포스트부터는 DNA 복제의 개시과정에 대해 알아보도록 하자.  replication이 시작되기 위해서는 일단 melting, unzipping 등에 의해 bubble이 생겨야 함.    원핵생물, 진핵생물 각각에서 bubble이 생기는 과정을 묘사한 그림이 위에 나타나 있음.   어느 정도 비슷한 부분도 있지만, 일단 원핵생물의 경우 ATP가 소모되는 DNA melting이 먼저 일어난 후 뒤이어서 helicase가 loading되고 unzipping이 일어나는 반면 진핵생물의 경우 ATP가 소모되는 helicase loading이 먼저 일어난 후에 DNA melting이 뒤이어 일어난다는 것이 다름. bacteria에서의 origin of DNA replication     bacteria의 경우..

이번 포스트에서는 remarkable이라는 단어의 뜻과 사용용례에 대해서 알아볼게요. remarkable을 영어사전에 검색해보면, unusual or special and therefore surprising and worth mentioning (특이하거나 특별해서 놀랍거나 언급할 가치가 있는) 이라는 설명이 나오는데요! 쉽게 말하자면, 무언가가 특별하거나 놀라운 점이 있어서 주목할 만한 상태를 의미하는 단어가 remarkable이에요. 더 나아가서, 긍정적인 맥락에서 누군가의 업적이나 성과, 혹은 어떤 사물이나 현상이 매우 뛰어나거나 놀라울 때 자주 사용해요. 감을 잡기 위해 remarkable이 들어간 예문 몇 가지를 살펴볼게요. She has made a remarkable recovery. 그녀..

이번 포스트에서는 DNA polymerase 이외에 DNA replication에 관여하는 다른 효소들에 대해 알아보도록 하자.  sliding clamp   앞서 봤던 위 그림에서 하늘색으로 표시되어 있는 것이 바로 sliding clamp임. 이 녀석은 DNA polymerase와 DNA 사이의 affinity가 높아지게끔 만들어줌.  일반적으로 DNA polymerase의 합성 속도는 DNA polymerase 내의 palm 효율 혹은 DNA polymerase와 DNA, nucleotide 간의 binding하는 정도에 따라서 결정됨. 특히 후자의 경우 DNA polymerase와 DNA 사이의 binding, unbinding이 평형관계이므로 이 때 binding된 상태, unbinding된 상..

action potential(활동전위)은 spike, nerve impulse, discharge(역전위) 등으로 불리기도 함.     위 그림은 이전 포스트들에서 살펴본 것처럼 threshold를 넘지 못한 신호가 거리 증가에 따라 점점 희미해지는 것을 보여주고 있음. 이 경우, 먼 거리에서 신호를 측정할 시 이 신호가 얼마나 적은지를 바탕으로 원래 신호의 강도를 예상해볼 수 있고, 인접한 두 지점에서의 신호 세기와 거리를 비교해서 시작 위치도 짐작하는 것이 가능하기는 함. 그러나 이동거리에 한계가 분명하므로 좋은 정보전달 system은 아님.    한편 위 그림은 action potential(AP)을 나타내주고 있음. 보면 이 경우 거리가 멀어져도 신호의 세기와 모양이 그대로임을 알 수 있음. 따..

이번 포스트에서는 이전 포스트에서 살펴보았던 네른스트 방정식(Nernst equation), 골드만 방정식(Goldman equation)에 대해 조금 더 자세히 알아보자.     Nernst equation은 위와 같이 Walther Nernst가 제안한 equilibrium potential을 계산하기 위해 사용될 수 있는 equation임. 이 equation에서는 결과적으로 위 그림 오른쪽에 나타나 있는 것과 같은 electrochemical gradient에 의해 특정 분자가 더 이상 순이동을 하지 않고 평형에 이르렀을 때의 막전위를 계산하게 됨.  참고로 Nernst equation은 볼츠만 equation으로부터 유래된 것인데, 볼츠만 equation은 원래 위치에너지를 계산하는 공식에서 유..

membrane channel을 통한 ion 이동은 diffusion과 electricity에 의해 발생함.    우선 diffusion의 경우 chemical한 농도 기울기에 순행해서 일어나는 단순한 확산현상이며, 위와 같이 특정 ion을 통과시키는 channel이 존재할 시 이 channel을 통해서 membrane 양쪽의 ion concentration이 같아질 때까지 ion들이 이동하는 현상을 의미함.    한편, 위와 같이 cathode(-)와 anode(+)가 있는 경우 Na+는 cathode로, Cl-는 anode로 이동하려 할 것임. 이 과정에서 특히 positive ion이 이동하는 방향으로 electrical current가 생긴다고 이야기함.  ion들이 이동하는 과정과 관련하여 중요..

지금부터 DNA replication 시 필요한 각종 enzyme들에 대해 알아보자.    하나하나 살펴보자.  우선 위 그림의 왼쪽 윗부분부터 살펴보자. 이 때 주황색으로 표시된 DNA가 새롭게 합성된 DNA이고 파란색 DNA가 leading-strand template임. 한편 이 때 남색으로 표시된 C자모양 단백질이 DNA polymerase임. 그리고 그 바로 뒤쪽에 붙어있는 하늘색 단백질은 sliding clamp로, 이 녀석은 DNA polymerase가 DNA와 더 잘 붙을 수 있도록(affinity를 증가시켜줌) 해줌. 한편 녹색으로 표시된 단백질은 DNA helicase이며 이 녀석이 downstream에 있는 dsDNA를 풀어줌. 한편 특히 E. coli의 경우에는 DNA helicas..