놀면서 공부하기

이번 포스트에서는 텔로미어와 텔로머레이스에 의한 작용에 대해 자세히 알아보자.  telomere는 TTAGGG reapeat으로 이루어져 있음. 이 repeat은 사람, 쥐에게서 동일하게 나타나며, 사람의 경우에는 대략 10kb 정도의 길이만큼 repeat이 이루어져 있음. (쥐의 경우 50kb정도)    한편 repeat 뒷부분에는 G-rich strand라는 부분이 대략 50-300nt 길이로 존재하고 있는데(ssDNA) 이 서열의 경우에는 telomerase에 의해서 유지됨.    telomerase의 작동 과정에 대한 모식도가 위 그림에 나타나 있으므로 참고할 것.  telomere는 chromosome의 end-protection problem을 해결하는데 핵심적인 도움을 줌.      위 그림..

이번 포스트에서는 실험적으로 세포내의 RNA의 양을 정량할 때 가장 많이 사용되는 방법 중 하나인 qPCR(RT-qPCR)에 대해 알아보도록 할게요.  혹시 qPCR이 아니라 그냥 PCR과 관련된 내용이 궁금하시다면 아래 포스트를 참고해주세요.  2022.03.27 - [전공자를 위한 생물학/실험] - PCR(중합효소 연쇄반응)의 원리, 단계, 응용 PCR(중합효소 연쇄반응)의 원리, 단계, 응용이번 포스트에서는 대부분의 생물학 실험실에서 다 일상적으로 하는 실험 중 하나인 PCR(polymerase chain reaction)에 대해 알아볼게요. 특히나 요즘은 생물 실험을 하시는 분들뿐만 아니라 코로나 검unicellular.tistory.com    정량적 역전사 중합효소 연쇄 반응(Quantitat..

이번 포스트에서는 유세포 분석을 통해 얻은 데이터를 디지털화하는 과정에 대해 알아보도록 해요.    유세포 분석기의 전자 시스템은 탐지기에서 발생한 광전류(photocurrent)를 디지털화하고 처리해 이후 분석을 위해 저장해요.   세포가 조사 지점을 통과하며 레이저와 만날 때 방출되는 포톤은 광증배관(PMD) 또는 광다이오드(PD)에 의해 감지돼요. 이 포톤들은 세포에 의해 산란된 빛 또는 세포와 결합한 형광체의 형광 방출로부터 올 수 있어요. 탐지기에 도달한 포톤들은 전자로 변환되고 신호가 비례적으로 증폭돼요. 이 신호는 전기 신호(광전류)로 탐지기를 빠져나가며, 전자 시스템으로 입력되죠. 위 그림서 이 포톤들이 전자 시스템을 통과하는 경로를 단순화한 예시를 볼 수 있어요. 탐지기에서 나온 전기 신..

이번 포스트에서는 지난 4개의 포스트에 이어서 유체역학적 관점에서 유세포 분석법에 대해 면밀히 알아보도록 해요.    유세포 분석기의 유체 시스템은 샘플 튜브에서 흐름 셀(flow cell)로 샘플을 운반하고, 흐름 셀(및 레이저와 탐지기)을 지난 후 샘플을 폐기물로 이동시키는 역할을 해요.   샘플이 흐름 셀에 들어가기 전에 세포나 입자는 위 그림 A처럼 유체 현탁액 속에서 무작위로 움직이고 있어요. 같은 크기의 세포가 액체의 원통형 기둥에서 이동하는 방식의 분포를 나타내면 쌍곡선 형태가 될 수 있는데(그림 B), 일부 세포는 평소보다 빠르게, 일부는 느리게 이동해요.   또한, 세포들이 일렬로 정렬되지 않고 다양한 위치에 있을 가능성이 높아, 결과적으로 (1) 서로 다른 속도로 이동하는 세포들이 데이..

2024.10.27 - [전공자를 위한 생물학/실험] - 유세포 분석(flow cytometry)의 원리, 단계, 응용 - 3 유세포 분석(flow cytometry)의 원리, 단계, 응용 - 3지난 두 포스트에서는 유세포 분석의 기본적인 특징, 그리고 작동 방법에 대해 알아봤어요.  이번 포스트부터는 보다 면밀히 유세포 분석법의 원리에 대해 알아보도록 해요. 이번 포스트에서unicellular.tistory.com   이번 포스트에서는 지난 포스트에 이어 유세포 분석을 이해하기 위해 필요한 광학적 내용들에 대해 조금 더 알아볼게요.   필터(filter)와 거울(mirror) 유세포 분석기에는 빛(포톤)의 경로를 안내하는 다양한 방출 필터(emission filters)와 거울(mirrors)이 있어요..

지난 두 포스트에서는 유세포 분석의 기본적인 특징, 그리고 작동 방법에 대해 알아봤어요.  이번 포스트부터는 보다 면밀히 유세포 분석법의 원리에 대해 알아보도록 해요. 이번 포스트에서는 특히 유세포 분석법의 '광학적' 특징들에 대해 면밀히 알아보도록 할게요.    유세포 분석은 개별 세포를 레이저 광선으로 조사하고, 이에 따라 발생하는 형광과 산란 데이터를 수집하는 과정에 의존해요. 광학 시스템(optics system)은 유세포 분석기 내에서 세포를 비추고 빛을 수집하는 역할을 담당하죠.  광학 시스템의 구성 요소들은 서로 협력하여 특정 파장의 빛을 세포에 비추고, 방출된 형광 및 산란 데이터(측면 및 전방 산란, 형광 방출)를 포톤 형태로 수집해 전기 신호(광전류, photocurrent)로 변환해요..

지난 포스트에서는 유세포 분석의 특징들에 대해 간략히 알아봤어요.  2024.10.27 - [전공자를 위한 생물학/실험] - 유세포 분석(flow cytometry)의 원리, 단계, 응용 - 1 유세포 분석(flow cytometry)의 원리, 단계, 응용 - 1이번 시리즈에서는 생명과학 실험기법 중 가장 유명한 기법 중 하나인 유세포 분석(flow cytometry)의 기본적인 원리, 단계, 그리고 응용에 대해 자세히 알아보도록 할게요.      cytometry, 즉 세포unicellular.tistory.com   이번 포스트에서는 유세포 분석의 기본적인 방식에 대해 알아보도록 할게요.  유세포 분석기는 크게 세 가지 주요 구성 요소로 나뉘어요: 유체역학 시스템(fluidics), 광학 시스템(op..

이번 시리즈에서는 생명과학 실험기법 중 가장 유명한 기법 중 하나인 유세포 분석(flow cytometry)의 기본적인 원리, 단계, 그리고 응용에 대해 자세히 알아보도록 할게요.      cytometry, 즉 세포 측정법은 세포의 특성을 측정하는 기술이에요. 이 특성에는 세포 크기(cell size), 세포 수(cell count), 세포 주기(cell cycle) 등 다양한 것이 포함될 수 있죠. 세포 측정법을 통해 연구자들은 개별 세포에 대한 매우 구체적인 정보를 얻을 수 있어요. 분석에 사용되는 샘플은 형광단백질을 발현하는 세포주(cell line)부터 조직에서 수집한 이질적인 세포군에 이르기까지 다양하죠. 효율적이고 효과적인 유세포 분석(flow cytometry analysis)을 위해 가장..

이번 포스트에서는 DNA 복제 종결 과정에 대해 알아보도록 하자.  bacteria에서의 DNA 복제 종결   bacteria의 경우 위 그림과 같이 oriC 반대편에 Ter라고 하는 termination sequence가 위치하고 있음. (cis element의 일종) 그리고 Ter과 결합 가능한 Tus라는 녀석이 존재해 결과적으로 이들이 roadblock 역할을 수행함. (즉, 더이상 replication이 일어나지 못하도록 물리적으로 막아줌)  한편 원핵생물의 경우 위 그림과 같이 DNA가 원형으로 이루어져 있으므로 replication이 완료되면 두 circular DNA가 꼬여있는 모양새일것임. 따라서 이들을 다시 분리해줘야 하는데, 이 때 type 4 topoisomerase가 사용됨.  eu..

이번 포스트에서는 지난 포스트에 이어 진핵생물의 DNA 복제 개시 과정에 대해 알아보자.   앞서 진핵생물의 한 예인 yeast에서의 ori sequence에 대해 살펴봤었음. 그러나 다세포 진핵생물 대부분에 대해서는 ori sequence가 아직 잘 알려져 있지 않음.    다만 위 그림과 같이 origin 부분에 ORC(origin recognition complex)라는 특정한 단백질이 와서 달라붙는다는 것은 알고 있었음. 그리고 진핵생물의 경우 특징적으로 ORC가 origin에 붙은 이후 Mcm helicase가 먼저 와서 달라붙어 있는 형태임. 이 complex를 prereplicative complex라 부름(앞서 원핵과 진핵의 replication initiation 차이가 이 때문에 발생)..