[생화학] 2.8 : 단백질 시퀀싱(protein sequencing)

 

 

이번 포스트에서는 단백질 시퀀싱(protein sequencing)에 대해 알아보자.

 

 

 

2024.11.04 - [전공자를 위한 생물학/생화학] - [생화학] 2.4 : 단백질 관련 실험기법들 - 1

[생화학] 2.4 : 단백질 관련 실험기법들 - 1

 

앞서, 위 포스트에서 Sanger의 protein sequencing 방법에 대해 살펴봤었음.

 

 

 

 

그 밖에, 위 그림에 표현되어 있는 것과 같이 Edman's degradation도 protein sequencing method로 많이 사용됨.

 

 

 

이 뿐 아니라 최근에는 MALDI-MS를 이용해 protein sequencing을 하기도 함.

 

 

 

 

보면 일단 protein을 fragmentation시키고, 이후 charge를 띄게 함. 이후 MS를 통해 정확한 mass를 측정함. 이 때 가장 작은 fragment와 두 번째로 작은 fragment 사이의 mass 차이를 바탕으로 이들 사이에 어떤 amino acid 만큼의 차이가 있는지를 확인 가능함. (우리가 모든 amino acid의 mass를 이미 알고있기 때문) 이런 식으로 protein sequencing을 수행할 수 있음.

 

 

그런데 이 방법으로는 분자량이 같은 Leu와 Ile를 구분 못할것임. 이들까지도 구분하기 위해서는 DNA level에서의 sequencing을 통해 어떤 codon이 존재하는지까지 확인해봐야 할 것임.

 

 

 

 

 

protein sequence 비교는 종간의 relation clue로 작용할 수 있음.

 

 

 

 

위와 같이 organism 사이에 어느 정도 상관관계가 있는지를 확인하기 위해 protein sequence(그 중에서도 histone H1)를 비교할 수 있음. 그럴 시 conservative한 sequence와 그렇지 않은 sequence를 확인할 수 있음.

 

 

 

 

 

결과적으로 protein sequence를 비교함으로써 종간의 상관관계와 evolutionary divergence를 이해할 수 있음.

 

 

 

다음 포스트부터는 단백질의 3차원 구조에 대해 자세히 알아보자.