놀면서 공부하기

이번 포스트에서는 RTK(receptor tyrosine kinase)로 대표되는 enzyme-linked membrane receptor에 대해 알아보자.    enzyme-linked membrane receptor의 대부분은 extracellular ligand-binding domain과 intracellular catalytic domain으로 이루어져 있음. 이 때 이 receptor의 가장 대표적인 예시가 receptor tyrosine kinase이며, 이 경우 intracellular part에 있는 부분이 active해질 시 auto-phosphorylation되어서 self-activation되게 됨. 이후에는 주로 인산화 base의 신호전달이 이루어짐. 그 밖에 일부 enzyme-l..

이전 포스트에 이어서 GPCR에 대해 알아보자.  앞서 알아본 cAMP 외에 cGMP, inositol-1,4,5-triphosphate(IP3), diacylglycerol, calcium 등의 다양한 messenger molecule들이 작용할 수 있음.    이 중 IP3의 구조는 위와 같음. 지금부터 이와 관련된 pathway에 대해 알아보자.    이 pathway에 관여하는 G protein은 특별히 Gq로 불러줌. 한편 G protein이 활성화되면 이번에는 막에 있는 phospholipase C(PLC)가 activation됨. 그러면 PLC는 막의 PIP2를 IP3와 DAG로 분해시켜주게 됨. 이 중 막에 더이상 anchoring되어있지 않은 IP3는 free하게 돌아다닐 수 있게 되고,..

이번 포스트에서는 지난 포스트에 이어서 GPCR에 대해 알아보자.  우선 GPCR에 의한 signal들이 termination되는 기작에 대해 알아보자.    위 그림에는 desensitization 기작에 의해 β-adrenergic receptor가 둔감화되는 과정이 나타나 있음. 보면 GPCR signal이 너무 오래 turn on 되어있어서 PKA가 너무 많이 존재하게 되면 PKA가 βARK를 activation시키게 됨. 이 때 이 βARK는 protein kinase여서 G protein이 붙는 곳과 비슷한 곳에 가 붙은 다음 GPCR의 C terminal Ser residue에 인산기 2개를 붙여주게 됨. 그러면 이 2개의 인산기를 인지하고 β-arrestin이라는 녀석이 와서 결합하게 되고..

이번 포스트에서는 지난 포스트에 이어서 GPCR 경로에 대해 알아보자.  흥미롭게도 G protein에는 GPCR과 상호작용하는 heterotrimeric한 것만 있는 것이 아니라 small monomeric한 것도 있는데, Ras가 대표적임.   위 그림 왼쪽은 Ras와 GTP를 함께 co-crystallize한 것임. 참고로 이 때 그냥 GTP를 쓰면 hydrolysis에 의해 dynamic할 수 있으므로 hydrolysis가 일어나지 않는 형태의 GTP를 써주게 됨.  보면 실제로 위 그림 오른쪽과 같이 switch I, switch II 사이에 GTP가 위치해 있음. 이 때 GTP가 여기 있게 되면 γ phosphate와 switch I, II의 끝부분 amino acid가 서로 H bond를 통..

이번 포스트에서는 코코넛 안에 든 투명한 액체인 코코넛워터의 특징과 활용법에 대해 알아볼게요.    코코넛을 활용한 음료라고 하면 종종 크리미하고 달콤한 코코넛 밀크나 코코넛 크림으로 만든 클래식한 음료, 예를 들어 피 콜라다, 페인킬러, 코키토 같은 칵테일이 떠오르곤 해요. 하지만 코코넛 워터는 가볍게 감칠맛이 나고 고소하며, 부드러운 질감 덕분에 바에서 사용하기에 매우 매력적인 재료에요.    칵테일에 코코넛 워터의 수분 충전 능력을 더해보고 싶다면, 먼저 코코넛 워터를 얼려보세요. 얼린 코코넛 워터는 칵테일에서 얼음 이상의 역할을 해요. 차갑게 해주는 동시에 맛을 더해줘요. 코코넛 워터 아이스 큐브를 만드는 방법은 간단해요. 코코넛 워터를 얼음 트레이에 붓고, 덮어서 단단히 얼릴 때까지 두면 돼요...

이번 포스트에서는 가을철 길거리에서 진동하는 은행 냄새의 원인, 특징, 그리고 은행을 활용한 요리들에 대해 간단히 알아봐요.    간단히 말해, 암나무 은행나무는 냄새가 심해요. 겉씨식물 중 암수딴몸(dioecious) 나무, 즉 수꽃과 암꽃이 각각 다른 나무에 피는 은행나무에서는 특히 그래요. 수나무는 열매를 맺지 않지만, 암나무에서 맺히는 열매는 독특하게도 고약한 냄새를 풍겨요.    이 냄새는 부티르산(Butyric acid) 때문인데, 열매의 부드러운 외피에서 나는 이 냄새는 식물학적으로는 ‘채소성 구토물’에 비유되기도 하죠. 그러나 이 냄새는 은행나무 열매가 동물들을 유인하거나 쫓아내는 데 적응적으로 기여할 수도 있어요.  은행나무는 고대 계통에서 유일하게 살아남은 종으로, 공룡이 지구를 누비던..

이번 포스트부터는 GPCR에 대해 알아보자.  GPCR은 α helix가 7번 막을 관통하고 있는, seven transmembrane protein(hepta-helical protein)임.    위 그림과 같이 GPCR이 ligand과 binding하면, 세포막 안쪽부위에 anchoring되어있던 heterotrimeric(αβγ) G protein이 와서 GPCR에 associate되게 됨.  GPCR에 의해 인지되는 ligand의 대표적인 예로 epinephrine(adrenaline)에 대해 알아보자. Epinephrine은 adrenal gland에서 만들어지는 hormone이며 fight or flee 반응 등에 있어서 매우 중요함. 즉, 이 hormone은 기본적으로 흥분 효과를 가지고 ..

이번 포스트에서는 은행의 특징, 활용방안, 그리고 관련된 생물학적인 사항들에 대해 알아볼게요.    은행나무(Ginkgo biloba)는 중국 원산의 낙엽성 겉씨식물이에요. 고대부터 중국과 일본의 사찰 정원에서 재배되어 왔고, 현재는 전 세계적으로 곰팡이와 해충에 강한 관상수로 주목받고 있어요. 은행나무는 추운 날씨를 잘 견디고, 대부분의 겉씨식물과 달리 도시 지역의 열악한 대기 환경에서도 생존할 수 있는 능력이 있어요. 하지만 널리 재배되고 있음에도, IUCN 적색리스트에 멸종위기종으로 등록되어 있으며, 전세계적으로 야생에서는 점점 그 서식지가 위협받고 있는 상황이에요.    은행나무는 겉씨식물 문(Ginkgophyta)에 속한 은행목(Ginkgoales)의 유일한 생존 종이에요. 이 목에는 약 2억 ..

이번 포스트에서는 세포 내 신호전달의 기본적인 내용들에 대해 알아보자.  signal transduction을 통해서는 cell이 environment로부터 signal을 받아들일 수 있음. 이 때 signal에 해당하는 것으로는 antigen, hormone, NT, light, touch, pheromone 등이 있음. 이런 signal들이 signal transduction에 의해 전달되면 결과적으로 differentiation, antibody production, growth, sexual cell division, asexual cell division 등의 output이 발생하는 것이 가능함.  흔히 signal들은(물론 아닌 경우도 있지만) ligand를 통해 전달되며, 이 ligand는 ..

이번 포스트에서는 물이 수송될 수 있는 channel인 아쿠아포린(Aquaporin)에 대해 알아보자.   위 그림에 aquaporin의 구조가 나타나 있음. 보면 6개의 transmembrane domain이 있고, 가운데에 짧은 helix 2개가 존재함. 그리고 이 짧은 helix 2개 사이에 NPA(Asn-Pro-Ala) motif가 있어서 이 녀석이 channel로 기능함. 이 NPA motif와 주변부의 amino acid들에 의해서 pore의 size를 2.8옹스트롬으로 만들어버려서 물 이외의 다른 녀석들이 이곳으로 통과하지 못하게 됨. 그 밖에, 물은 원래 서로 hydrogen bond로 연결된 채로 proton hopping에 의해 hydronium ion으로 존재할 수 있음. 그런데 hy..