놀면서 공부하기

이번 포스트부터는 본격적으로 번역 신장 과정에 대해 자세히 알아보도록 하자.     전체적인 elongation cycle 모식도는 위와 같음. elongation cycle은 크게 3개의 step으로 나누어지는데, 아래와 같음.    1. EF-Tu(with GTP)에 의해 aminoacyl-tRNA가 ribosome의 A site에 binding  2. ribosome 내 RNA를 center로 해서 구성되는 peptidyl transferase에 의해 P site에 있는 peptide와 A site에 새로 들어온 aminoacyl-tRNA의 amino acid 사이에 peptide bond가 형성 (ribosome 내 protein들은 대다수 ribosome의 구조 유지 자체에만 도움을 줌)  3...

이번 포스트부터는 단백질 번역에서의 신장 과정에 대해 알아보도록 하자.   기본적으로 elongation 과정은 bacteria와 eukaryote에서 매우 비슷함. (둘 다 뒤에서 다시 살펴볼 EF-T, EF-G factor가 중요하게 사용됨)   translation elongation에 대해 잘 모르던 과거에는 polypeptide가 N→C 방향으로 합성되는지, C→N 방향으로 합성되는지를 잘 몰랐고, ribosome이 RNA를 읽어나가는 방향도 몰랐으며, 어떻게 해서 mRNA로부터 단백질이 만들어지는지의 과정도 잘 몰랐었음.   그런데 연구를 통해 ribosome이 mRNA를 5'→3' 방향으로 읽어나가고, 이 과정에서 합성되는 단백질은 N→C방향으로 합성된다는 것을 알게 됨.    위 그림에 나..

안녕하세요. 오늘은 대학원생들이 입학 후 직면하게 되는 가장 큰 위기 중 하나인 랩미팅을 어떻게 준비해야 하는지에 대해 알아보도록 할게요.     랩미팅은 명시적으로 정해진 형식이 없고, 실험실에 따라서 방식도 다 다르기 때문에 대학발표나 회사 발표와는 다르게 준비하는데 있어 더 막막할 때가 많아요.   그렇기에 본 글에서는 랩미팅 준비에 있어 중요하다고 생각되어지는 몇가 간단한 체크리스트들을 바탕으로 랩미팅 준비를 잘 할 수 있는 법에 대해 알아보고자 해요.   1. 랩 단위, 혹은 본인 프로젝트 단위에서의 목표를 명확히 명시하기  실험실은 기본적으로 과제비를 바탕으로 운영되는 시스템이므로, 교수님을 포함한 랩의 핵심인력들은 앞으로 랩이 나아가아할 방향, 그리고 랩이 지향해야 할 비전을 매순간마다 고민..

본 카테고리에서는 뇌와 척수로 대표되어지는 신경계의 생리학, 분자생물학에 대해 다룰 것이며, 잘 밝혀져 있는 뇌신경회로에 대해 상세히 다룰 것임.  본 포스트에서는 우선 신경과학이라는 분야에 대한 개요에 대해 간단히 다루어보도록 하자.    뇌의 신비를 탐색하는 연구는 21세기 과학과 기술분야에서 가장 중요한 도전이자 최후의 프론티어라 할 수 있음.    실제로 이집트 시대 파피루스에도 위와 같은 상형 문자로 brain에 대해 묘사되어 있었다는 기록이 있음.    한편 위 그림에는 principles of neural science라는 neuroscience의 기본서 중의 하나인 textbook에서 제시하는, 뇌과학이 풀어나가고자 하는 5개의 basic한 질문들이 나타나 있음.   첫 번째는 brain이..

이번 포스트에서는 지난 두 포스트에 이어 다양한 진핵생물에서의 번역개시 조절 기작들에 대해 마저 알아보도록 하자.    이번에는 Xenopus oocyte에서 관찰되는 Maskin이라는 단백질이 translation initiation을 어떻게 조절할 수 있는지에 대해 살펴보자. Maskin은 이름 그대로 특정 분자와 결합하여 반응을 물리적으로 가로막는 역할을 하고, 특히 eIF4E와 CREB(cytoplasmic polyadenylation element binding-protein)에 binding함.     위 그림에 나타나 있는 것과 같이 Maskin은 CREB과 eIF4E에 동시에 결합 가능함. 일단 Maskin이 eIF4E와 결합하게 되면 이 결합에 의해 원래는 eIF4E에 결합해야 하는 eI..

이번 포스트에서는 지난 포스트에 이어 진핵생물에서의 번역 개시 조절과정에 대해 알아보자.  진핵생물에서의 translation control 과정과 관련된 가장 유명한 단백질 중 하나는 바로 Heme-controlled repressor(HCR), 혹은 heme-regulated inhibior(HRI)로 불리는 녀석들임. 이 녀석은 EIF2AK1이라는 gene에 의해 발현되는데, gene의 이름을 봐도 알 수 있는 것처럼 eIF2α를 인산화시켜주는 4가지 효소 중 하나임. HRI는 Heme(혹은 Heme을 구성하는 heavy atom)이 부족한 조건에서 발현되며, 이 녀석에 의해 결과적으로 global한 translation이 억제되게 됨.    대략 위 그림과 같은 과정에 의해 translation이..

이번 포스트에서는 진핵샐물에서 번역 개시과정이 조절되는 방식들에 대해 알아보자.  일반적으로 진핵생물의 경우 DNA에서부터 단백질이 합성되기까지는 몇 시간이 걸리므로, 아예 단백질을 다 만들고 나서 이 녀석의 활성을 control하는 것보다는(post-translational modification) 그 이전 step에서 control이 이루어지는 편이 더 효율적일 수 있음. (물론 그럼에도 단백질 합성 후 control도 많이 존재함)  일반적으로 translation 수준에서의 control은 대부분 initiation step에서 많이 이루어짐.    phage의 일종인 MS2는 아래와 같은 이차구조를 이루고 있는 mRNA를 가지고 있음.     보면 Coat gene으로부터 만들어진 RNA에 의해..