놀면서 공부하기

이번 포스트부터는 진핵생물 번역개시에 관여하는 각종 factor들에 대해 알아보자. eukaryote에서의 translation initiation 과정을 간략히 나타낸 그림이 위와 같음. 우선 eIF3는 40S ribosomal subunit에 붙어 60S subunit과의 reassociation을 막아주고, 동시에 eIF6는 60S subunit에 붙어 40S subunit과의 reassociation을 막아줌. 한편 GTP가 붙은 상태의 eIF2는 Met-tRNA를 ribosome으로 데려오는 역할을 함. 이후 eIF2의 GTP가 hydrolysis되고 나면 eIF2는 40S subunit으로부터 release됨. 이 때 가수분해에 의해 생성된 GDP에는 (GEF[guanine nucleotide..

이번 포스트부터는 진핵생물에서 일어나는 번역 개시(translation initiation) 과정에 대해 알아보자. eukaryote에서의 translation initiation은 bacterial translation initiation과 꽤나 차이가 있음. 대표적인 차이를 나열하자면 1) N-formyl-methionine 대신 그냥 methionine이 충전된 tRNA가 처음에 recruit되고 2) shine-Dalgarno sequence 대신 Kozak sequence가 있으며 3) mRNA의 5' end에 cap이 있어 initiation에 핵심적으로 작용한다는 것 등임. 그런데 1)에 나타난 특성에도 불구하고 initiating tRNA와 interior tRNA는 서로 다른 특성을 가짐..

이번 포스트에서는 30S initiation complex가 형성된 이후에 일어나는 일들에 대해 알아보도록 하자. formation of the 70S initiation complex 30S initiation complex가 형성된 이후에는 아래와 같은 일련의 과정을 거쳐서 70S initiation complex가 형성됨. 보면 30S initiation complex에서 IF1, 3이 다시금 떨어져 나가면서 드디어 50S subunit이 다시 30S subunit과 결합하게 되고, 뒤이어 IF2에 있는 GTP가 GDP로 가수분해되면서 IF2도 떨어져 나가게 됨. 이렇게 해서 생성되는 것이 70S initiation complex이며, 이 complex는 active해서 바로 translation을..

이번 포스트에서는 지난 포스트에 이어서 30S ribosomal subunit에 mRNA가 어떻게 결합할 수 있는지에 대해 알아보도록 하자. 앞서 살펴봤던 것처럼 30S initiation complex 형성 시 mRNA도 같이 들어옴. 그렇다면 도대체 30S ribosome 부위는 mRNA의 어떤 부분을 인식하고 mRNA를 끌어들이는 것일까. 결론적으로 원핵생물에서 30S initiation complex 형성 시 인식되는 mRNA 부분은 Shine-Dalgarno sequence라는 것이 알려져 있음. 이 sequence의 존재를 처음 알게 된 실험 결과가 아래에 나타나 있음. 실험 idea는 매우 간단함. bacteria가 가진 16S rRNA(30S subunit을 이루는 요소)의 3' seque..

이번 포스트에서는 지난 포스트에 이어서 tRNA 충전 이후 일어나는 박테리아에서의 번역 개시 과정에 대해 알아보자. Dissociation of ribosomes into two subunits 일단 tRNA의 충전이 일어나고 나면 그 다음에는 본격적으로 ribosome 수준에서의 반응이 일어남. 위와 같은 일이 처음에 일어나는데, 간단히 설명하자면 처음에는 붙어있었던 50S, 30S subunit들이 RRF, EF-G에 의해 분리되고, 뒤이어 30S subunit에 결합한 IF3 때문에 50S가 30S에 다시 붙는 것이 방지됨. (즉, reassociation이 방지됨) 이제 이와 관련된 실험에 대해 살펴보자. 위와 같이 4가지 동위원소를 사용한다고 생각해보자. 이 때 앞의 3개는 non-radioac..

이번 포스트부터는 mRNA로부터 단백질이 만들어지는 과정인 translation(번역)의 개시 과정에 대해 알아보도록 하자. 먼저 bacteria system에서의 translation initiation에 대해 알아보자. bacteria에서의 translation initiation 과정을 간략히 나타내면 위와 같고, 이 과정 하나하나에 대해 지금부터 살펴볼 것임. 참고로 이 때 50S로 표현된 것이 ribosome의 large subunit, 30S로 표현된 것이 ribosome의 small subunit임. 이 때 bacteria의 경우 23S rRNA가 large subunit 내에, 16S rRNA가 small subunit에 포함되어 있다는 것도 상식적으로 알아두자. tRNA charging ..