[생화학] 8.5 : DNA 마이크로어레이(DNA microarray)

 

 

이번 포스트에서는 DNA 마이크로어레이(DNA microarray)에 대해 알아보자.

 

 

DNA microarray는 사실 조금 유행이 지나기는 했지만 여전히 많이 사용하는 실험 방법 중 하나임.

 

 

이 경우 실제로 array를 만들어놓고 array에 대략 60-70bp 길이의 각종 sequence들을 쫙 심어놓음. 이 때 lysate sample을 처리해주게 되면 mRNA가 특정 array에서만 hybridization될 것임. 그 결과 mRNA의 조성에 대해 확인할 수 있음.

 

 

다만 요즘에는 NGS의 비용이 저렴해지면서 DNA microarray가 많이 사용되지는 않는 추세임.

 

 

그렇다면 DNA microarray 기판은 어떻게 만들 수 있을까.

 

 

 

 

보통 위 그림과 같이 photolithography를 이용해서 많이 합성함. 만약 1에 나와있는 것과 같이 기판의 probe들을 구성해놓고 싶을 경우 위 그림 2, 3 과정에서 나타나 있는 것처럼 우리가 어떤 nucleotide를 넣고자 하는 부분을 제외한 나머지 부분을 다 masking한 상태에서 photolithography를 통해서 특정 염기를 첨가, 신장시켜주는 방식을 사용해 각 array의 서열을 합성해주게 됨.

 

 

 

 

위 그림은 실제로 microarray가 사용되는 용례에 대해 보여주고 있음. 보면, 알, 올챙이 각각에서 mRNA를 뽑고, mRNA 각각을 cDNA로 바꿔주게 됨. 이 때 바꾸는 과정에서 각각의 cDNA들을 서로 다르게 labeling하게 됨. 이후 microarray를 수행할 시 알과 올챙이 각각에서 mRNA의 발현 pattern이 얼마나 다른지를 확인할 수 있음. 이 때 probe를 array에 많이 심게 되면 한 번의 실험만으로 high-throughput screening을 수행할 수 있음. 그리고 array에 심어주는 서열에 따라 mutated된 유전자가 있는지, 특정 SNIP이 발현되는지와 같은 정보도 얻을 수 있음.

 

 

다음 포스트부터는 유전자 편집 도구들에 대해 알아보자.